Để cây cối phát triển tốt dưới giếng trời, ngoài việc lưu ý đến kích thước và vị trí của không gian đang ở để có thể sở hữu loại cây phù hợp, bạn cần lưu ý những vấn đề sau:
Xử lý phần hạ tầng đảm bảo cho việc cấp và thoát nước dễ dàng, thuận tiện cho việc chăm sóc cây. Hệ thống thoát nước đúng kỹ thuật phải có rãnh chống tràn. Nước tràn qua đây được lọc bằng lớp vải địa lọc, để khi thoát, nước sẽ không trôi cùng đất cát.
Dù giếng trời cung cấp ánh sáng và thông gió, môi trường trong nhà vẫn gây khó cho sự sinh trưởng của cây. Bởi vậy cần chọn cây thích nghi tốt với điều kiện trong nhà, dễ chăm sóc, ít rụng lá cũng như diện tích của giếng trời. Thông thường sẽ phân làm ba tầng:
+ Cây chủ đạo (còn gọi cây tầng cao): Là dòng cây thân gỗ có chiều cao 3-5m tùy vào đặc điểm của từng vị trí đặt giếng trời. Ví dụ: Khế, lộc vừng, tùng, phát tài núi, kim ngân..
+ Cây tầng trung: Được trồng đan xen dưới những cây chủ đạo tầng cao. Ví dụ: trầu bà cánh phượng, trúc bách hợp, tùng thông, vạn lộc... Đây là những loại dòng thân thảo dễ chăm sóc, lá lại to và xanh.
+ Cây tầng thấp: Là những loại cây phủ nền có nhiệm vụ giữ ẩm cho đất và chống việc xói mòn của đất, đồng thời tăng tính thẩm mỹ cho không gian trồng. Ví dụ: cây lá gấm, cây lẻ bạn, cỏ lan chi, rêu, chuỗi ngọc....
Sau khi lựa chọn được cây trồng phù hợp, cần lưu ý đến cách trồng đối với các cây thân gỗ tầng cao. Do cây trồng trong nhà không cần thiết phải phát triển quá lớn, vì thế bạn cũng nên chăm sóc ở mức độ vừa phải, để làm giảm quá trình phát triển của cây mà vẫn đạt được nhu cầu thanh lọc không khí và đảm bảo không gian xanh.
Để đảm bảo cho cây trồng được sống khỏe và phát triển tốt, nên trồng cây trong chậu (kích thước tùy chọn) rồi sau đó mới đem trồng xuống đất nền. Việc làm này nhằm giảm sự tăng trưởng của cây, hơn nữa tránh việc rễ cây sẽ ăn sâu xuống nền móng hoặc bò ngang nền nhà, làm gạch phồng rộp, tăng khả năng thấm nước lên chân tường ở những vị trí mà rễ cây đi qua. Vì thế phần rễ cây dưới nền đất cần được xử lý khống chế trong chậu trồng.
Đối với các cây tầng trung và tầng thấp, có thể trồng trực tiếp xuống đất vì rễ của các loại cây này không phát triển mạnh như nhưng cây thân gỗ.